Su nombre deriva del náhuatl: Pahuatlán, «fruta-lugar» «Lugar de los frutos».
La comunión entre las culturas náhuatl y otomí se hace evidente en este Pueblo Mágico, cabecera de un municipio provisto de un clima espléndido para la cosecha y cobijado por la imponente Sierra Madre Oriental. Como varios pequeños poblados de la Sierra Norte de Puebla, Pahuatlán fue parte del señorío del Totonacapan, prueba de ello es la tradicional danza de los voladores que continúa llevándose a cabo en este lugar.
Además de sus cultivos, entre los que destacan el café y el aguacate, la zona tiene gran riqueza artesanal pues, entre otros valiosos objetos, sus pobladores siguen elaborando el papel más antiguo del país: el papel amate.
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La comunidad de Pahuatlán fue fundada aproximademente en 1535 por frailes agustinos entre las etnias nahuatl y hñnahñu que en esa época se disputaban el territorio el territorio que antes había pertenecido al señorío del Totonacapan.
El Pueblo se estableció en torno a lo que ahora es la iglesia del Señor Santiago, en una pequeña planicie sobre la ladera oriente del cerro de Ahila.
Durante la Guerra de Independencia, los indígenas combatieron ferozmente a los conquistadores bajo las órdenes del jefe Serafin Olarte, cuyo cuartel se encontraba en Coyoxquihui. El levantamiento ocurrió en 1813 y persistió durante 4 años, con triunfos notables en Tlaxcalantongo, y junto con el general Osorno se tomó varias veces Pachuca y Tulancingo.
En la guerra de Reforma el pueblo fue punto de reunión de tropas liberales. Con el apoyo del coronel pahuatense Antonio Tellez Vaquier, jefe al mando de una tropa con sodados de Xicotepc, Tlacuilotepec, Huauchinango y Pahuatlán formaron parte de las tomas de Zacatlán, Huauchinango y Pahuatlán, siendo éste defendido por indígenas fanatizados por su cura, tomaron parte en el asalto de Tulancingo, en el cual se apoderaron del parapeto de Aleluya.
Poco después por desacuerdos entre los lideres, se disolvió el poderoso núcleo liberal serrano y el Coronel Tellez Vaquier fue sustituido por Refael Cravioto, la mayoría de los soldados fueron licenciados y los restantes se unieron en Veracruz al presidente Benito Juárez.
